Sephiroth e as células de Jenova

Cait Sith (ou seja, Reeve) descobre que o Sister Ray, o enorme canhão de Junon, está pronto para disparar, mas antes que o grupo chegue a Midgar, o Diamond Weapon surge e segue para Midgar. Cloud o confronta mas após o batalha o Weapon simplesmente o ignora aparentando não mostrar danos. O Sister Ray dispara na barreira de Sephiroth e a destrói. A arma destrói também o Weapon, mas não antes que ele lançasse um contra-ataque que destrói o quartel da Shinra e mata Rufus (SPOILER ADVENT CHILDREN - em FFAC é descoberto que Rufus sobreviveu).[/li]Reeve descobre que Hojo está carregando o Sister Ray de novo, dessa vez com poder total, o que ocasionaria uma explosão que destruiria Midgard. Cloud e o grupo pulam de pára-quedas em Midgar para parar Hojo. Eles são impedidos por Elena, Rude e Reno e os grupos lutam, mas os Turks fogem após a luta (o confronto pode ser evitado). Cloud e companhia são atacados também pelo robô construído para combater Weapons, controlado por Scarlet e Heidigger, mas o robo e vencido, explodindo e levando junto os dois siretores da Shinra. Eles encontram Hojo, que pretende dar ainda mais energia para Sephiroth com o tiro de canhão, revelando que ele é na verdade seu filho, ele injeta células de Jenova em si mesmo e passa por várias mutações até finalmente cair perante os ataques de Cloud.[/li]O grupo finalmente vai para Northern Crater e desce fundo. Lá eles finalmente derrotam a síntese de Jenova, a evolução da forma humana de Sephiroth com as células de Jenova (Bizarro Sephiroth) e Sephiroth em sua forma divina, graças a energia que ele já adquiriu (Savior Sephiroth).. Após isso a alma de Cloud é sugada para o Lifestream onde ele confronta Sephiroth mais uma vez, o derrotando e aparentemente destruindo sua alma. O meteoro continua caindo, mas é impedido pela magia Holy. No entanto, o violento choque entre as duas magias resulta em ainda mais destruição e o Meteoro ainda avança. Para salvar o planeta, a Lifestream com os apelos da alma de Aeris, emerge da terra e fulmina o meteoro salvando todos.[/li][/ul]