O jogador se matricala na Academia de Duelo como um estudante transferido. O foco principal do jogo é um torneio Tag Force, que terá lugar na ilha. O jogador deve encontrar um parceiro para competir ao lado no torneio, como no TCG. O jogo inclui personagens do animê, assim como personagens exclusivos para os vídeo games. Três cartas promocionais vem embaladas com o jogo - "Phantom Beast Cross-Wing", "Phantom Beast Thunder-Pegasus" e "Phantom Beast Wild-Horn". O jogo acabou sendo portado para o PlayStation 2, sob o nome de Yu-Gi-Oh! GX Tag Force Evolution. Este jogo inclui conectividade com a sequela do jogo original.
